После обучения первоначальному образованию в 13-ти летнем возрасте начинает изучать исламские науки в научном центре города Кума и в течении шести лет завершает начальный и средний курс обучения. В 19 летнем возрасте начинает посещать уроки «Харидж» по фикху и науке «Усул» (его другом и тем, кто дискуссировал с ним был аятолла Шахид Мустафа Хомейни). В течении 11 лет от уроков «Харидж» по фикху и науке «Усул» его свветлости великого аятоллы Буруджерди и в течении 9 лет от уроков его светлости великого аятоллы имама Хомейни извлек огромную пользу.

   Многие годы посещал уроки философии и толкования Корана его светлости аятоллы Табатабаи и в 25-ти летнем возрасте достиг высшего звания в религиозных науках и это было подтверждено его светлостью великим аятоллой Буруджерди.

   После победы исламской революции в Иране аятолла Шейх Мухаммад Фазиль Ленкарани был избран членом собрания экспертов для назначения лидера и более десяти лет возглавлял руководство советом директоров научного центра города Кума. Аятолла Шейх Мухаммад Фазиль Ленкарани уже более 25 лет занят преподаванием уроков «Харидж» по фикху и науке «Усул» и несмотря на преподавание и воспитание семинаристов религиозным наукам, написал множество ценных книг.